1、藥材鑒別困難：中藥材的真偽優劣會直接影響飲片質量，中藥來源廣、種類多，不同產區以及不同種屬藥材之間的性狀差別較大，導致摻假情況多，其鑒別存在一定難度。目前存在的摻假手段有：摻入不同產地同科藥材的同一藥用部位；摻入同一藥材的不同藥用部位或非藥用部位；形態相似的經加工處理后摻入該藥材中；染色摻偽：紅花用蓮須染色，或將菊花的舌狀花染色以冒充紅花；增重摻偽。

    2、炮制標準不一致：中藥飲片炮制需要有嚴格的炮制標準和規范，各品種炮制規格不同，所用原料、輔料缺乏統一標準，很難達到統一的質量要求。通常情況下，許多中藥飲片沒有健全的質量控制標準，因此對于那些不合格的飲片而言，不能通過檢驗實施有效的判定，其判定的結果不準確，除此之外，通過進行統一炮制，在一定程度上，能夠確保工藝標準，進而完善飲片標準體系，利于飲片科學監管。

    3、炮制過程涉及諸多因素，如溫度、水量、時間等，每個因素都關系到炮制的質量。但是目前部分中藥材的炮制沒有具體衡量標準，工藝參數不易掌控。在加工設備方面，雖然目前炮制的設備在不斷創新，然而，對于許多藥材炮制而言，其沒有簡便、高效的機械設備。除此之外，對于一些藥材而言，沒有具體的清洗設備。